Il museo, recentemente riallestito, è ospitato in un edificio contiguo al complesso di Santa Maria delle Grazie. Dalla chiesa di San Lorenzo proviene gran parte dei materiali conservati nel museo, costituito nel suo nucleo, già nel 1864, nella Sagrestia della Basilica, grazie all’opera generosa di Vincenzo Mannozzi Torini, esponente di uno dei più illustri casati sangiovannesi.
All’origine di questo come di molti altri musei italiani vanno poste le controverse vicende della soppressione postunitaria delle Congregazioni religiose, che portarono all’alienazione di edifici e arredi, nonché, in non pochi casi, alla dispersione di veri e propri patrimoni storico-artistici e devozionali.
Nel caso di San Giovanni Valdarno, alla lungimiranza del Mannozzi Torini fece seguito la solerte azione della Soprintendenza, allora fiorentina: negli anni Cinquanta le opere furono collocate nell’edificio adiacente all’Oratorio, appositamente restaurato; Luciano Berti le catalogò e le arricchì.
Successivamente altri oggetti d’arte entrarono a far parte del museo: tra essi l’Annunciazione del Beato Angelico, proveniente dalla chiesa del convento francescano di Montecarlo, non lontano da San Giovanni. I recenti lavori, avviati nel 2000 e terminati nel 2005, hanno comportato l’ampliamento delle aree espositive – con l’acquisizione di tre nuove sale – e l’adeguamento degli ambienti ai criteri vigenti.
Il museo ospita dipinti di epoca compresa tra il XIV e il XVII secolo, nonché oreficerie liturgiche, paramenti e altri oggetti di grande importanza per San Giovanni e il suo territorio.