Il museo, inaugurato nel 1989, ha sede nella chiesa di Santa Maria del Gesù, al centro del paese, ed è nato per l’esigenza di concentrare in luogo idoneo l’ingente patrimonio artistico di antiche chiese che fanno capo a San Casciano: fra queste San Giovanni ad Argiano, San Martino in Sugana, San Pietro di sopra.
La chiesa, sorta nella seconda metà del secolo XV come ospizio dei frati francescani dell’Osservanza, ha subìto nel corso dei secoli destinazioni e vicende diverse fino alla distruzione quasi completa durante l’ultima guerra cui è seguita la ricostruzione in forme armoniche e dignitose. La destinazione a museo non ne ha comunque soppresso le funzioni legate alla liturgia che l’allestimento ha rispettato: la grande aula a una navata è infatti ornata tradizionalmente di dipinti; mentre nel piccolo oratorio annesso e al piano superiore sono state concentrate le opere e gli oggetti più preziosi, compresi oreficerie e paramenti sacri, molti dei quali rivestono un’importanza straordinaria nella storia dell’arte italiana.
Nella sezione di dipinti, che distingue il museo per la particolare qualità e importanza delle opere presenti, bisognerà segnalare innanzi tutto il dossale con San Michele arcangelo e storie della sua leggenda eseguito da Coppo di Marcovaldo prima del 1260 per la chiesa di Vico l’Abate, vigoroso esempio di pittura fiorentina anteriore a Cimabue.
Cospicuo è anche il nucleo di tavole del secolo XIV, che documentano gli sviluppi e le tendenze della scuola toscana con opere fra gli altri di Lippo di Benivieni, Jacopo del Casentino, Francesco Fiorentino, Cenni di Francesco, oltre ad un grande trittico datato 1398 del Maestro di Sant’Jacopo a Mucciana, originariamente conservato nella chiesa omonima. Fra tutte spicca la prima opera nota del senese Ambrogio Lorenzetti , la famosa Madonna col Bambino proveniente da Vico l’Abate, datata 1319.