Il primo nucleo delle collezioni mineralogiche fiorentine risale alle raccolte medicee, che erano conservate nella “Galleria” (gli Uffizi); questi esemplari, insieme a tutti i reperti naturalistici, furono riuniti nel 1775 nel palazzo di via Romana con l’istituzione da parte di Pietro Leopoldo del Museo di Fisica e Storia Naturale.
Nell’arco di circa un secolo (1880) l’affermarsi delle singole discipline e l’incremento delle collezioni provocò la scissione del Museo in vari “Gabinetti e Musei” disciplinari, che dettero luogo in seguito ai vari Istituti universitari. Un altro secolo ancora (1984) e il Museo di Storia Naturale si riunifica (formalmente e non come locali) riportando le collezioni naturalistiche all’originaria concezione.
Oggi dunque esiste un Museo di Storia Naturale dell’Università, articolato in sei sezioni: Antropologia e Etnologia in via del Proconsolo, Botanica, Geologia e Paleontologia, Mineralogia e Litologia in via La Pira, Orto Botanico in via Micheli e Zoologia, rimasta nella sede originaria della Specola in via Romana.
Le collezioni mineralogiche attualmente assommano a circa 50.000 esemplari, ma già alla fine del ‘700 la loro consistenza era di oltre 12.000 pezzi. Notevole fonte di informazioni sulle collezioni settecentesche sono i cataloghi dell’epoca (8 volumi), seguiti cronologicamente da una serie di appendici e di nuove edizioni dei cataloghi, che consentono di studiare l’evoluzione delle raccolte nei secoli.
Gli esemplari sono raccolti fondamentalmente in tre collezioni: “generale” e “regionale italiana” e “medicea di pietre lavorate”, ma solo una minima parte è visibile al pubblico per carenza di spazio: si pensi che la superficie della parte espositiva non raggiunge i 200 mq e sono in esposizione meno di 2.000 pezzi! Del nucleo storico fa parte la collezione Targioni Tozzetti. È questa la raccolta personale di Giovanni Targioni Tozzetti (1712-1783), illustre naturalista fiorentino ed estensore del primo elenco delle “produzione naturali” esistenti agli Uffizi che dettero origine al Museo. La collezione, attualmente consiste in circa 5000 campioni, era costituita in origine da quasi 10.000 esemplari e corredata da 12 volumi manoscritti di catalogo.