Il Museo della Collegiata di Sant’Andrea a Empoli, tra i musei minori più importanti e più antichi della Toscana, nasce sullo sfondo dei moti risorgimentali tesi a realizzare l’unità d’Italia.
Il primo nucleo di opere, provenienti soprattutto dalla Collegiata ma anche da Chiese vicine e da donazioni private, è catalogato dal Regio Ispettore Carlo Pini nel 1863. La raccolta è aperta al pubblico alla fine degli anni Ottanta dell’Ottocento, dopo il riordinamento secondo criteri cronologici eseguito da Carocci, Ispettore della Soprintendenza e profondo conoscitore del territorio.
Trasferito e riallestito negli ambienti della Propositura negli anni Trenta, il Museo come la Collegiata è poi gravemente danneggiato dai bombardamenti durante la guerra e riapre nel 1956, con un nuovo ordinamento curato da Umberto Baldini sulla base di criteri di godibilità estetica, che evidenziano i valori artistici delle opere.