Inaugurato nel giugno del 2006, il Museo occupa una sezione sul lato posteriore destro del complesso abbaziale, praticamente sotto la torre e si sviluppa in un grande salone, adibito fino a non molto tempo addietro a tipografia dei monaci, una saletta cosiddetta “del tesoro” e un piccolo ma attrezzato bookshop.
Non è comunque questa la prima struttura del genere a Vallombrosa, chè già nel secolo XVIII l’abbazia contava su un suo museo anche se con caratteristiche assai diverse dall’attuale. Il collezionista e allestitore di quel primo nucleo museale, che occupava oltre cinque sale, era don Lotario Bucetti, abate dal 1791 al 1792.
Già prima, negli anni 1788-89, egli aveva messo insieme con vera passione enciclopedica una raccolta eterogenea che potremmo definire, almeno ai suoi inizi, di storia naturale per la massiccia presenza di prodotti rari e curiosi di natura animale e vegetale, reperti archeologici e fossili, oltre a una piccola sezione di opere d’arte acquistate anche sul mercato.
I principi a cui si era ispirato don Bucetti erano quelli che avevano presieduto alla costituzione delle wunderkammern tardo rinascimentali e sei-settecentesche, non di rado ospitate anche nei conventi. Il museo non ebbe però vita lunga: il trasferimento di don Lotario alla badia di Pistoia e il progressivo disinteresse da parte dei monaci rimasti lo avviarono a una rapida decadenza seguita con la soppressione francese dei monasteri del 1810 dalla quasi totale dispersione.
Restano a ricordarci quel primo complesso l’inventario del 1788 e quello compilato al momento della soppressione. Il museo attuale si configura invece essenzialmente come museo d’arte sacra, vedendo esposto gran parte del patrimonio artistico ancora presente in Abbazia, con qualche oggetto proveniente da altri istituti vallombrosani, come Santa Trinita a Firenze.